Фамилия Кунахова — женская форма фамилии Кунахов. В её основе лежит прозвище Кунах, которое в южнорусских и украинских говорах означало «кум» или, шире, «близкий друг, приятель». Слово «кунах» (или «кунак») восходит к тюркским языкам, где обозначало гостя, приятеля, побратима — человека, с которым заключён союз взаимного гостеприимства. Таким образом, прозвище Кунах давали либо человеку, который часто ходил в гости и водил дружбу со многими, либо тому, кто сам был радушным хозяином, принимавшим побратимов.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Кунах добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?») — сын Кунаха. В русской традиции фамилии на -ов чаще всего получали крестьяне и мещане, а не дворяне. Кунаховы, скорее всего, были из простонародья, и их предок носил заметное бытовое прозвище, которое закрепилось за потомками.

Интересно, что фамилия Кунахов встречается не только у русских, но и у осетин, где слово «кунах» имеет то же значение «кунак, друг». Это объясняется долгим культурным влиянием тюркских и кавказских народов на южные области России. Поэтому носители фамилии могут иметь как славянские, так и кавказские корни — без дополнительных генеалогических данных определить точнее сложно.

Встречаемость фамилии невысокая: она редкая даже по сравнению с однокоренными Кунаков, Кунаев. Суффикс -ов указывает на более позднюю и «обрусевшую» форму, чем, скажем, фамилия Кунак на -ак, которая могла остаться без патронимического окончания. Сегодня Кунаховых можно найти в Ростовской области, Краснодарском крае и в Осетии — то есть там, где исторически бытовало слово «кунах».