Фамилия Кундыкин звучит необычно, но её происхождение проще, чем кажется. В её основе лежит диалектное слово «кундыка» или «кундык». В южнорусских и поволжских говорах так называли коренастого, приземистого человека, а иногда — увальня или неповоротливого. Прозвище Кундыка давали по внешнему виду или характеру, а суффикс -ин сделал из него фамилию: «чей?» — Кундыкин, то есть сын или потомок Кундыки.

Модель образования типична для русских фамилий, но корень редкий. В отличие от распространённых основ вроде «медведь» или «сокол», слово «кундыка» почти не встречается за пределами нескольких областей. По этой причине фамилия Кундыкин — локальная, скорее всего, возникла в среде крестьян или посадских людей в XVII–XVIII веках где-нибудь на юге России, в Тамбовской, Рязанской или Воронежской губерниях. Географию подтверждают старые метрические книги: Кундыкины встречаются в документах этих регионов.

Есть и более спорная версия. Иногда фамилию связывают с тюркским словом «кундык» — «пуповина» или «место рождения». Но для русского прозвища это значение маловероятно: тюркские заимствования в русских фамилиях обычно касаются предметов быта, животных или социальных ролей, а не анатомии. К тому же суффикс -ин указывает на русскую адаптацию, а не на прямое татарское наследие. Поэтому версия с диалектным прозвищем куда убедительнее.

Сословная принадлежность Кундыкиных не отличалась от основной массы: это были крестьяне, реже мещане. Дворянских родов с такой фамилией нет в гербовниках. Известных носителей, оставивших яркий след в истории, тоже не зафиксировано — фамилия осталась в тени, что типично для прозвищных фамилий из глубинки.