Фамилия Куповых — редкий случай, когда окончание -ых сразу указывает на географическое происхождение: такие фамилии типичны для северных и центрально-чернозёмных областей России. В основе же лежит мирское имя Куп. До христианских имён на Руси было принято давать ребёнку простое имя-оберег, и Куп — одно из них.

Слово «купа» в старых говорах означало «груда, куча, ворох». Отсюда — две бытовые версии прозвища. Первая: Купом могли назвать скупого, жадного человека, который «купит» добро, не расставаясь с ним. Вторая, более вероятная: прозвище дали торговцу — тому, кто скупает товар, ведёт куплю-продажу. В пользу второй говорит устойчивая связь корня «куп-» с торговлей в русском языке (купец, купить, купля).

Менее правдоподобно возводить фамилию напрямую к слову «купа» в значении «куча» — такое прозвище было бы слишком неконкретным и не закрепилось бы в именовании. А вот имя Куп как сокращение от Куприян (Куприян → Куп) встречается в документах XVII века.

Формант -ых в фамилии Куповых — это окончание родительного падежа множественного числа, типичное для северорусских фамилий: оно отвечало на вопрос «чьи будете?» и означало «из дома Куповых». Со временем окончание застыло в именительном падеже, и фамилия перестала склоняться.