Фамилия Купратая — редкая и нестандартная для русского уха. Её сразу выдаёт окончание: в русском языке фамилии на -ая типичны для женского рода (например, Кузнецова — жена Кузнецова, или прилагательные вроде Толстая). Но Купратая — мужская фамилия, застывшая в форме прилагательного женского рода. Это верный признак того, что её носители родом из украинских или польских земель: в украинском языке фамилии на -а, -я склоняются иначе и не меняют род в зависимости от пола (ср. украинские Купратий, Купрата).

Основа фамилии — «купр» — почти наверняка восходит к украинскому или польскому слову «купер» (koper), то есть укроп. В польском языке «koper» означает и укроп, и фенхель, а в украинских говорах «купр» или «купер» могло быть прозвищем человека, связанного с этой травой: торговца зеленью, огородника или просто неряшливого человека (укроп в переносном смысле — «мелкий, никчёмный»). Впрочем, более вероятно, что прозвище было нейтральным или профессиональным.

Суффикс -ат- в украинских фамилиях часто указывает на обладание признаком: «Купратый» — «тот, у кого много укропа» или «похожий на укроп». Фамилия Купратая — это русифицированная форма от украинского «Купратий» или польского «Kupraci». Встречается она преимущественно на западе Украины и в южных областях России, куда переселялись украинцы в XIX–XX веках. Сословной привязки нет — такие фамилии носили и крестьяне, и казаки, и мещане.

Написание с одним «п» (Купратая, а не Куппратая) — норма для восточнославянской передачи польского «koper». Если бы фамилия была русской по происхождению, она звучала бы как Укропов или Укропкин. Так что Купратая — яркий пример того, как диалектное прозвище, пройдя через языковые границы, превратилось в необычную фамилию, которую до сих пор путают с женской.