Фамилия Купренюк образована от разговорной формы крестильного имени Куприян. В основе лежит имя Купреня — один из народных, бытовых вариантов этого имени, которое восходит к греческому слову «киприос», то есть «житель Кипра». Таким образом, фамилия Купренюк буквально означала «сын Купрени», то есть потомок человека по имени Купреня.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к основе Купрен- добавляется украинский по происхождению суффикс -юк, характерный для фамилий Западной и Центральной Украины, а также юго-западных регионов Беларуси. Этот суффикс выполнял ту же роль, что и русские -ов или -ин: указывал на родство, принадлежность к роду. Поэтому Купренюк — типичная патронимическая фамилия, которая закрепилась за потомками человека, носившего в обиходе имя Купреня.

Само имя Куприян (церковная форма — Киприан) было на Руси довольно распространённым, но в просторечии давало множество вариантов: Купреян, Куприк, Купря, Купряша и, в том числе, Купреня. Именно эта форма и легла в основу фамилии. Важно отметить, что фамилия Купренюк не связана с каким-либо ремеслом или прозвищем — её происхождение чисто именное, что типично для многих украинских фамилий на -юк.

Встречается фамилия преимущественно в западных областях Украины, особенно на Волыни и в Ровенской области, а также среди украинской диаспоры. В более редких случаях носители фамилии могут иметь белорусские корни, поскольку суффикс -юк также встречается в пограничных с Украиной районах Беларуси.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Куприянов, Купреев, Куприк, Купренко — показывает, что все они восходят к одному источнику, но различаются по территории бытования и словообразовательной модели. Купренюк — одна из самых редких форм, сохранившая именно украинский патронимический суффикс.