Фамилия Купрейкин — один из тех случаев, когда за привычным русским суффиксом -ин скрывается нерусская, скорее всего, греческая основа. Вопреки возможной догадке, она не связана напрямую с медью или кузнечным делом (от слова «купрей» — устаревшее название меди). Корень здесь — каноническое имя Киприан (греч. Kyprianos — «кипрский», то есть родом с острова Кипр). В народной русской традиции это имя звучало как Куприян, а уменьшительная форма — Купрейка.

Фамилия образована по простой и распространённой модели: от прозвищного или домашнего имени Купрейка с помощью патронимического суффикса -ин. «Купрейкин» буквально означало «сын Купрейки» или «человек из рода Купрейки». Имя Куприян (Купрей) было на Руси довольно частым, особенно в крестьянской и мещанской среде, поскольку входило в святцы и не считалось редким.

Интересная деталь: в некоторых говорах, особенно на юге России и Украине, имя Куприян произносили как «Купреян», отсюда и форма Купрейка. Фамилия Купрейкин встречается в разных регионах, но заметно чаще — в областях бывшей Орловской, Курской и Воронежской губерний, где имя Куприян было особенно популярно. По сути, это «географический маркер»: если встретили Купрейкина, можно с высокой вероятностью предположить, что его предки — выходцы из чернозёмной полосы России.

Словообразовательно фамилия стоит в одном ряду с Куприяновым, Куприным, Купреевым. Разница лишь в суффиксе: -ин указывает на основу, оканчивающуюся на -а/-я (Купрейка), тогда как -ов/-ев добавляется к основам на согласный. Купрейкин — более «ласкательная», уменьшительная форма, чем строгий Куприянов, что говорит о прозвищном, домашнем происхождении: скорее всего, предка звали не полным именем, а именно Купрейкой, и это закрепилось в фамилии.