Фамилия Куприенко — характерный пример украинской модели образования фамилий с помощью патронимического суффикса -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, буквально означает «сын» или «потомок». Соответственно, Куприенко — это «сын Куприена».

В основе фамилии лежит крестильное имя Куприян (церковная форма — Киприан, от латинского Cyprianus — «кипрский», то есть уроженец острова Кипр). Имя Куприян было широко распространено в народной среде, где давало множество производных форм: Куприя, Купря, Куприк, а также Куприен — именно от этой обиходной формы и пошла фамилия.

Покровителем имени считается святой Киприан Карфагенский (ок. 200–258 гг.), епископ Карфагена, выдающийся латинский богослов и церковный писатель. Его жизнь пришлась на эпоху гонений на христиан и внутрицерковных расколов. Киприан известен как создатель канонического учения о единстве Церкви и её иерархической структуре. Он провёл в Карфагене три собора, на которых отстаивал принцип соборного согласия епископов: по его убеждению, единство Церкви выражается не в диктате одного «епископа епископов», а в равной благодати Святого Духа, которой наделены все епископы, самостоятельные в управлении своей паствой. Тягчайшими грехами Киприан считал апостасию (отступничество от веры) и схизму (раскольничество). Именно этот святой определил высокий нравственный авторитет имени.

Таким образом, фамилия Куприенко буквально означает «сын Куприена» — человека, носившего имя в честь святого Киприана. По географии бытования эта фамилия типична для центральных и восточных областей Украины, а также для юга России, куда она попала вместе с украинскими переселенцами. Если сравнивать её с однокоренными фамилиями, то Куприенко — самая «украинская» по форме, в то время как, например, Куприянов типична для русской традиции, а Куприянович — для белорусской.