Фамилия Куприэнко — яркий пример украинской модели образования фамилий. Её основа — крестильное имя Куприян, народная форма канонического имени Киприан (от латинского Cyprianus — «кипрский», то есть уроженец Кипра). В православной традиции это имя носил священномученик Киприан, епископ Карфагенский. В украинском языке имя Куприян закрепилось через характерное чередование и/у и смягчение согласного.

Суффикс -енко в украинской ономастике — самый распространённый патронимический показатель. Он означал «сын», «потомок» или «ученик». Первоначально Куприэнко — это «малый Куприян», то есть сын человека по имени Куприян. Такая модель расцвела на Левобережной Украине, особенно в землях Гетманщины (современные Черниговская, Полтавская, Сумская области), в XVII–XVIII веках, когда фамилии на -енко стали массово фиксироваться у казаков и крестьян.

Интересна орфографическая особенность: в фамилии пишется «э», а не «е». Это не ошибка, а сознательная передача произношения. В украинском языке после мягких согласных звук [е] переходит в [э] (так называемое «е» закрытое), и написание через «э» подчёркивает украинскую фонетику. В русском языке фамилию часто записывали как Куприенко, но вариант с «э» точнее отражает исходное звучание.

Сравните с однокоренными фамилиями: Куприянов (русская форма, суффикс -ов), Куприянчук (западноукраинский суффикс -чук), Куприянович (белорусско-польская модель). Все они восходят к одному и тому же имени Куприян, но говорят о разной географии и времени возникновения. Куприэнко — типичный представитель центральной и восточной Украины, где фамилии на -енко вытеснили более старые формы.

Сословно предки Куприэнко могли быть как казаками, так и крестьянами или мещанами. Фамилия не указывает на дворянство, но и не исключает его — в реестрах Запорожского войска встречаются разные Куприяненки, Куприенки и Куприянки. Точных данных о конкретном первом носителе нет, но ясно, что родоначальник жил не позднее первой половины XVIII века, когда фамилия уже закрепилась в документах.