Фамилия Куприни — довольно редкая. Чтобы понять её происхождение, нужно всмотреться в окончание. Большинство русских фамилий на -ин образованы от основ, заканчивающихся на -а или -я (Кузьма — Кузьмин, Илья — Ильин). Но здесь мы видим форму Куприни, а не Куприн. Это указывает на то, что перед нами, скорее всего, нестандартная модель, либо фамилия, застывшая в форме множественного числа.

Самый вероятный вариант — фамилия Куприни происходит от прозвища или имени Купря. Купря — это народная, разговорная форма канонического имени Куприян (от латинского Cyprianus — «кипрский», то есть родом с острова Кипр). В русских говорах имя Куприян часто сокращали до Купря, Куприк или Купрюша. Тогда фамилия Куприн (с ударением на первый слог) — это стандартная «сыновья» фамилия: «чей?» — Куприн, то есть сын Купри. А форма Куприни — это либо её диалектный вариант (северные говоры иногда сохраняли окончание -и в притяжательных прилагательных), либо, что более правдоподобно, это фамилия, образованная от прозвища во множественном числе: Куприни — «из семьи Купрь» или «дети Купри». Такая модель (на -их/-ых, но с окончанием -и) встречается у фамилий, которые закрепились в родительном падеже множественного числа: «из дома Куприных» со временем превратилось в просто Куприни.

Вторая версия, менее распространённая, но возможная — связь с диалектным словом. В некоторых говорах «купри» или «куприна» могли называть завиток, вихор, кудри. В таком случае прозвище Купря давали кудрявому человеку, а его потомки становились Куприными или Куприни. Однако эта версия уступает в убедительности первой, так как имя Куприян было очень популярно среди крестьян и духовенства вплоть до XIX века.

Географически фамилия Куприни встречается фрагментарно, в основном на севере европейской части России (например, в Архангельской и Вологодской областях), где была сильна традиция фамилий на -их/-ых. В этих краях окончание -и вместо -ы или -ов — не редкость. Таким образом, предки современных Куприни — это, скорее всего, северные крестьяне или мещане, чей родоначальник носил имя Куприян или прозвище Купря, и в местной речевой традиции фамилия закрепилась в форме множественного числа.