Фамилия Купряхин образована от разговорной формы крестильного имени Куприян. В основе лежит имя Купряха — один из народных вариантов, которые в русской традиции возникали естественным путём, когда полное церковное имя сокращали и добавляли характерный суффикс. Само имя Куприян восходит к греческому слову, означающему «житель Кипра». Так что предок носителя фамилии Купряхин, скорее всего, был крещён этим именем, а в быту его звали коротко — Купряха.

Модель образования фамилии проста и типична для восточнославянской ономастики: к основе Купрях- присоединили притяжательный суффикс -ин. В буквальном смысле Купряхин — это «сын Купряхи» или «потомок Купряхи». Такая форма характерна для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей: суффикс -ин указывал на принадлежность к конкретному человеку, и со временем прозвище или домашнее имя закрепилось за всем родом.

Интересно, что имя Куприян в народе давало не только Купряху, но и другие производные: Куприк, Купря, Купряшка. Фамилия Купряхин стоит в одном ряду с Куприяновым, Купреяновым и Куприковым, но отличается именно суффиксом -ях-, который в русских говорах нередко усиливал уменьшительно-ласкательный оттенок. Такая форма могла бытовать в северных и центральных областях России, где окончание -аха/-яха в личных именах встречалось чаще, чем на юге.

Фамилия не относится к числу аристократических — её носители, скорее всего, происходили из крестьян или мещан. В документах XVII–XVIII веков Купряхины упоминаются среди служилых людей и крестьянского населения, но точных дат и имён для массового читателя без специальных изысканий не назвать. Главное, что фамилия сохранила живую народную форму имени, которое почти вышло из обихода, — а значит, несёт в себе память о том, как на Руси переиначивали греческие имена на свой лад.