Фамилия Купряхина образована от разговорной формы крестильного имени Куприян — Купряха. Имя Куприян (церковное Киприан) восходит к греческому слову со значением «житель Кипра». В этой фамилии работает простая и распространённая модель: к основе Купрях- добавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «сын Купряхи»). Скорее всего, основатель рода Купряхиных был выходцем из простого сословия — в крестьянской и мещанской среде чаще использовали не полные календарные имена, а их обиходные варианты.

Интересно, что фамилии с суффиксом -ин (в отличие от -ов/-ев) в русской традиции образуются от основ на -а, -я. Купряха — типичный пример такой основы. Аналогичные фамилии — Куприянов, Купреев, Куприн — все восходят к тому же имени, но через разные уменьшительные формы. Купряхина стоит в этом ряду особняком: суффикс -ах- встречается реже, чем -як- или -еев-, и указывает на конкретный диалектный или семейный вариант имени.

Потомок человека по имени Купряха со временем получил фамилию Купряхин, а в женском роде — Купряхина. География фамилии тяготеет к центральным и южнорусским областям, где имя Куприян было особенно популярно. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с этим именем, но точных сведений о конкретном родоначальнике Купряхиных нет — ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) лишь подтверждают общую модель образования.