Основой фамилии Купряхина послужило церковное имя Купряха. Купряха — один из разговорных вариантов мужского крестильного имени Куприян, которое в переводе с греческого языка означает «житель Кипра». Скорее всего, основатель рода Купряхиных был выходцем из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Купряха, со временем получил фамилию Купряхина.