Фамилия Купырёв ведет начало от прозвища Купырь. Чаще всего так называли человека по связи с растением купырь — травой из семейства зонтичных, стебли и листья которой издавна шли в пищу. Прозвище могли дать повару, знатоку съедобных трав или просто любителю купыря. Это одна из «растительных» фамилий, где за основу взяли не имя или профессию, а характерный признак или занятие, связанное с конкретным растением.

Менее очевидная, но возможная версия ведет прозвище Купырь к глаголу «купорить» — заниматься выделкой обручной посуды, бочек. В этом случае родоначальник Купырёвых был бондарем. Слово «купор» (бондарь) встречается в старых говорах, и прозвище Купырь могло быть его упрощенной формой.

Существует и версия, выводящая прозвище из татарского «купыр» — мост. Тогда Купырем называли человека, жившего у моста или строившего мосты. Эта гипотеза не самая сильная: тюркское заимствование в русском прозвище маловероятно без широкого бытования слова в местных говорах, а данных об этом нет. Поэтому «растительная» или «бондарная» версии выглядят убедительнее.

Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ёв от основы на мягкий согласный (Купырь → Купырёв). Ударение в фамилии падает на последний слог. Фамилия редкая, в списках частотных русских фамилий не значится. Географически встречается в центральных областях России, но массового распространения не получила.