Фамилия Купырина звучит на редкость прозрачно: её основа — слово «купырь» или «купыр(ь)». В русских говорах так называют растение из семейства зонтичных, чаще всего купырь лесной (Anthriscus sylvestris), а в некоторых регионах — дудник или борщевик. Прозвище Купырь могли дать человеку по внешнему сходству (высокий, худой, с кудрявой шевелюрой, напоминающей соцветие-зонтик) или по роду занятий — например, травнику, знахарю, собиравшему именно эту траву. В словаре Даля зафиксировано и переносное значение: «купырями» в ряде мест называли бранчливых, вздорных людей, так что прозвище могло отражать и характер.

Суффикс -ин в фамилии Купырина указывает на принадлежность: «чей?» — Купырин, то есть сын или потомок Купыря. Это типичная модель для северных, центральных и поволжских регионов России, где притяжательные прилагательные на -ин превращались в фамилии. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от названий профессий или отчеств на -а/-я, -ин вариант характерен для прозвищ и имён, оканчивающихся на согласный или -а.

Интересно, что фамилия Купырин (и её женская форма Купырина) встречается в основном в центральной России и на Урале. Встречается и вариант Купырёв, но он образован по другой модели — от той же основы через суффикс -ев. Разница в суффиксе может указывать на разные диалектные традиции: на территориях, где преобладала форма «Купырь», логичнее было бы ожидать Купырёв, но Купырин закрепился в тех говорах, где прозвище склонялось как «Купыря» (сравните: «нет Купыри»). Это не ошибка, а отражение живой народной речи.

Среди однокоренных фамилий — Купреев, Куприн (от имени Куприян), но Купырина стоит особняком: её корень чисто диалектный, ботанический, без календарного имени. Это значит, что предки носителя фамилии вряд ли были связаны с церковной традицией именования, а получили прозвище по бытовой примете — скорее всего, в крестьянской или посадской среде. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже говорит о её простонародном происхождении.

В современных базах фамилия Купырина не относится к числу самых распространённых, но устойчиво держится в нескольких областях — например, в Кировской, Нижегородской и Свердловской. Это позволяет предположить, что основная масса носителей ведёт род из Вятского края или Поволжья, где купырь как растение был хорошо знаком и где диалектное слово «купырь» активно использовалось в быту.