Фамилия Курнеков образована от прозвища или имени Курнек. В её основе лежит тюркское слово «курнек» — так в ряде тюркских языков называют вид перепела или небольшую птицу. Прозвища по названиям птиц были распространены в русской среде: они давались либо за внешнее сходство (небольшой рост, сутулость, быстрая походка), либо за особенности характера (крикливость, пугливость). Модель образования простая: к основе Курнек прибавили патронимический суффикс -ов, что буквально означает «сын Курнека».

Интересно, что фамилия Курнеков не имеет распространённого варианта с суффиксом -ев, хотя по правилам русской орфографии после шипящих и ц под ударением пишется -ов, а без ударения — -ев. Здесь корень заканчивается на -ек, и ударение в фамилии чаще всего падает на второй слог (Курне́ков), поэтому написание через -ов устойчиво. Это отличает её от похожих фамилий вроде Курнеев, где основа оканчивается на -ей.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским регионам и Поволжью — территориям, где исторически был силён тюркский языковой след. Встречается она и в казачьей среде, что неудивительно: прозвища из тюркских языков активно заимствовались донскими и кубанскими казаками. В дореволюционных переписях Курнековы фиксировались в основном среди крестьян и мещан, но не в дворянских родословных книгах, что указывает на непривилегированное происхождение большинства носителей.

В этимологическом словаре фамилий Б. Унбегауна Курнеков не упоминается отдельно, но модель «тюркское прозвище + -ов» описана как типовая для XVII–XIX веков. Родственными по корню можно считать фамилии Курнаков, Курносов (от «курносый», но с другим корнем) и Курнев — последняя тоже может восходить к тюркскому «кур» (серый, гнедой). Однако Курнеков стоит особняком: его основа — конкретное название птицы, что делает фамилию более «прозрачной» для этимолога, чем, например, Курнаков, где возможна связь с «курна» (вид сосуда) или «курнак» (гость).