Фамилия Курненкова образована от мужской формы Курненков. Её основа — прозвище или нецерковное имя Курня. В нём отчётливо слышен корень кур-, который в русских говорах отсылает к двум разным смыслам: к курице (кур, кура) и к дыму, пыли или вихрю (курить, курной). Обе версии по-своему правдоподобны, и разобраться помогает география фамилии.

Суффикс -енков — характерный признак фамилий, сложившихся на востоке и юге России, в первую очередь в бывших Рязанской, Тамбовской, Воронежской губерниях, а также в Поволжье. В отличие от более распространённого на западе -ов/-ев, суффикс -енков (в женской форме -енкова) нередко указывает на происхождение из крестьянской среды чернозёмной полосы. В современных базах данных Курненковы чаще всего встречаются именно в Курской, Липецкой и Волгоградской областях, что подтверждает эту привязку.

Если отталкиваться от «куриного» корня, то Курня — уменьшительное от Кур, то есть «петух». В славянской традиции прозвища от названий птиц давали людям с яркой внешностью, задиристым характером или любовью к пению. Параллель — фамилии Куркин, Курицын, Петухов. Однако есть и другой ряд: однокоренные Курной, Курников, Курнеев могут быть связаны с курным (дымным) жильём — избой, которую топили «по-чёрному», без трубы. В этом случае Курня — прозвище человека, жившего в курной избе, либо того, кто постоянно возился с дымом, золой, углями: кузнеца, печника, смолокура.

Словообразовательная модель проста: к основе Курн- добавили уменьшительный суффикс -я (Курня), а затем от имени-прозвища образовали фамилию через патронимический суффикс -енков: «чей? — Курненков». Такая цепочка типична для русских фамилий второй половины XVII–XVIII века, когда активно шёл процесс закрепления прозвищ за потомками. Спор между «птичьей» и «дымной» версиями не имеет однозначного решения, но в пользу второй говорит то, что прозвища от курного быта встречаются реже и потому могли быть более заметны в общине, а значит — скорее закрепиться в качестве родового имени.