Фамилия Курняин встречается нечасто, и её происхождение не лежит на поверхности. Причина — в неочевидной основе, которая может скрывать как прозвище, так и искажённое крестильное имя.

Словообразовательная модель здесь стандартная: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — курняин). Притяжательные фамилии на -ин обычно образовывали от основ, оканчивающихся на -а или -я. Значит, в основе лежит слово «Курня» или «Курняй». Что это могло быть?

Самая вероятная версия — прозвище, связанное с курением. В старых русских говорах «курить» означало не только «дымить», но и «пьянствовать», «гулять». «Курня» — человек, который много курит, или, шире, тот, кто ведёт беспутный, разгульный образ жизни. Такие прозвища давали не в осуждение, а скорее как меткую бытовую характеристику. В пользу этой версии говорит наличие однокоренных фамилий: Курнев, Курнин, Курняев. Курняин стоит в этом ряду особняком из-за редкого суффиксального оформления — не -ев, а -ин.

Есть и другая, менее очевидная гипотеза. В некоторых диалектах «курня» — это курица или цыплёнок. В этом случае прозвище могли дать человеку маленького роста, суетливому или с какой-то птичьей чертой. Однако эта версия слабее: для обозначения курицы обычно использовали более привычные формы («кура», «курица»), а «курня» — скорее исключение.

Третья возможность — искажение крестильного имени Корнилий или его просторечной формы Корней. В народе имя Корней нередко переделывали: Корнюха, Корнюша, Корня. Форма «Курня» могла возникнуть под влиянием аканья (произношение «Курня» вместо «Корня») или просто как случайное упрощение. Если так, то предок носителя фамилии был Корнеем или Корнилием, а фамилия по сути — отчество в краткой форме.

Географически фамилия Курняин тяготеет к центральным и поволжским регионам России, но из-за редкости точных данных о расселении нет. Сословной принадлежности предков по фамилии не определить: её могли носить и крестьяне, и мещане. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано.