Фамилия Курташкин — редкая и с неочевидной на первый взгляд основой. Чтобы понять её происхождение, стоит оттолкнуться от суффикса. Типичный русский суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Курташки». Значит, в основе лежит прозвище или имя Курташка. В русской ономастике суффикс -ашк(а) часто придаёт слову уменьшительно-пренебрежительный или просто разговорный оттенок (сравните: Ваня — Ванечка, но и Ванька — через -к-; здесь же вариант с -ш-). Соответственно, Курташка — это производное от корня «курт».

Основных версий две, и обе связаны с тюркскими заимствованиями, что типично для южнорусских и поволжских фамилий. Первая и самая вероятная: от тюркского слова «курт» в значении «волк» (у многих тюркских народов, например, у казахов и киргизов, «корт» или «курт» — волк). В таком случае Курташка — это человек, которого в быту называли Волчонком или Волком. Прозвище могли дать за хищный нрав, одиночество или, наоборот, для оберега — чтобы злые силы приняли ребёнка за волчонка и не тронули. Вторая версия: от слова «курт» — вид сушёного кисломолочного продукта (сыра), распространённого у кочевых народов. Тогда Курташка — прозвище любителя или продавца курта, либо человека, которого сравнивали с этим продуктом за сухость или жёсткость. Эта гипотеза менее правдоподобна, так как прозвища от названий еды в русской традиции редки и обычно не образуют уменьшительных форм на -ашк(а).

Словообразовательная цепочка выглядит так: тюркское «курт» → русское прозвище Курташ (с суффиксом -аш, который мог означать «обладатель признака») → уменьшительное Курташка (с суффиксом -к- или -шк-) → фамилия Курташкин («сын Курташки»). Фамилия явно низовая, крестьянская или казачья: суффикс -ин характерен для недворянских родов, а тюркские корни указывают на регионы, где русские долго и плотно контактировали с тюрками — например, бывшие территории Казанского ханства, Оренбуржье, Донское или Кубанское казачество. Географически фамилия встречается в основном в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — там, где оседали переселенцы из южных губерний.

Однокоренные фамилии — Курташов, Куртаев, Куртин — образованы от той же основы, но с разными суффиксами (например, -ов даёт фамилию от полной формы Курташ). Курташкин же сохраняет именно уменьшительную форму, что может говорить о фамилии, закрепившейся за младшим сыном или человеком невысокого роста. Никаких сведений о дворянском происхождении Курташкиных нет — это фамилия простого люда, скорее всего, однодворцев или государственных крестьян, получивших прозвище от внешности или поведения.