Фамилия Кутараев происходит от прозвища Кутарь, и её разбор стоит начать с суффикса -ев. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или -й. В данном случае основа «Кутарь» дала форму притяжательного прилагательного: «чей? — Кутарев», а со временем закрепилось написание с -а- в корне — Кутараев.

Корень прозвища спорен, и здесь возможны несколько версий. Самая прямая отсылка — к слову «кутырь», которое в словаре Фасмера означает «желудок, пузырь». Если принять эту версию, Кутарем называли человека плотного телосложения или любителя плотно поесть. Однако есть и другие варианты. В. Даль фиксирует «куту» как «тёплую каморку, горенку с печью», а «кутню» — как «верх у повозок». Исходя из этого, прозвище могло указывать на род занятий: либо зажиточный крестьянин, живший в отдельной тёплой горнице, либо мастер по изготовлению или ремонту повозок.

Менее вероятны, но всё же упоминаются в народной этимологии связи со словом «кутень» (клык) или глаголом «кутать». В первом случае прозвище могло относиться к обладателю крепких зубов, во втором — к человеку, который кутался в одежду независимо от погоды. Эти версии слабее, так как не имеют устойчивой диалектной поддержки, в отличие от «кутыря» и «куты».

Фамилия Кутараев нечастая, и её география пока не позволяет уверенно назвать конкретный регион возникновения. Процесс закрепления фамилий шёл несколько столетий, и точную дату появления этой фамилии установить сложно. Ясно одно: перед нами типичная русская фамилия от прозвища, в основе которой лежит бытовое или профессиональное наблюдение за человеком.