Фамилия Кутаров образована от прозвища или имени Кутар. Основа фамилии — южнославянское или диалектное русское слово «кутар», которое в разных говорах означало «коротышка», «небольшой куст» или «заросли». Наиболее вероятное объяснение — прозвище человека невысокого роста, коренастого, плотного сложения. В тюркских языках есть слово «кутар» со значением «спасать, избавлять», но для русской фамилии эта версия менее убедительна — фамилия явно восточнославянская по модели образования.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Кутаров, то есть сын Кутара. По такой схеме в XVI–XVII веках формировались фамилии крестьян и посадских людей на всей территории Московского государства. Фамилия редкая, не относится к числу распространённых дворянских или купеческих родов — её носители, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками из центральных или южных губерний России.

В ономастике фамилия Кутаров интересна тем, что её основа не имеет однозначного соответствия в литературном русском языке. Слово «кутар» фиксируется в курских и орловских говорах как название низкорослого кустарника, а в смоленских — как прозвище человека. Это указывает на возможное происхождение фамилии из зоны южновеликорусского наречия, где диалектная лексика часто становилась источником прозвищ.

В написании фамилии возможны варианты с одной «т» (Кутаров) и с двумя (Куттаров), но основной и исторически верный вариант — с одной «т». В документах XVIII–XIX веков встречается написание через «о» в окончании (Кутаровъ). Сравните с однокоренными фамилиями Кутасов, Кутаев — они образованы от тех же диалектных основ, но с разными суффиксами, что говорит о существовании нескольких прозвищных форм в одной местности.