Фамилия Кутарин образована от прозвища или нецерковного имени Кутара. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: Кутарин — это «сын Кутары» или «человек из семьи Кутары». Модель типична для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин столь же распространены, как на -ов в южных областях.

Слово «кутара» в диалектах имеет несколько значений. В архангельских и вятских говорах кутарой называли болтуна, пустомелю или человека, который говорит сбивчиво, «кутается» в словах. В других местах кутара — это закуток, тесное помещение или даже мешок, куда складывают вещи. Вероятнее всего, прозвище дали по характеру: говорливому или путаному в речах человеку. Менее правдоподобна связь с тюркскими корнями (например, от «кут» — счастье, благодать), поскольку суффикс -ин и фонетика слова тяготеют к русским северным говорам, а не к заимствованиям.

Встречается фамилия в основном в Вологодской, Кировской и бывшей Пермской губерниях — это зона активного бытования диалектного слова «кутара». Редкая фамилия: по данным переписей XX века, Кутарины не входили в число распространённых, что говорит о локальном происхождении, возможно, от одного родоначальника в конкретной деревне. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или мещанская: прозвища такого типа редко давали дворянам, а вот в сельской среде их фиксировали часто.

Таким образом, предок носителя фамилии Кутарин — человек, которого окружающие запомнили как болтуна или путаника, либо, что реже, жившего в тесном помещении. Фамилия сохранила живую диалектную черту и привязана к северорусской языковой традиции.