Фамилия Квартин происходит от прозвища Кварта. Слово «кварта» многозначно, и это открывает сразу несколько версий о том, кем мог быть родоначальник. Самое прямое значение — мера жидкостей, восьмая или десятая часть ведра. В этом случае прозвище могли дать торговцу, который мерил вино или масло квартами. Другое значение — четвёртая струна на скрипке. Здесь прозвище указывает на музыканта или мастера, делавшего струнные инструменты. Есть и третья, менее очевидная версия: В. И. Даль фиксирует глагол «квартовать» — очищать золото через квартование. Если прозвище пошло от этого занятия, то Квартой называли ювелира или того, кто работал с благородными металлами.

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Квартин, то есть сын или потомок Кварты. Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов женского рода или от прозвищ на -а/-я. Интересно, что исходное прозвище Кварта — нечастое, и фамилия Квартин встречается редко. Это говорит о том, что она могла сохраниться в какой-то одной местности, а не разойтись широко по стране. Однокоренных фамилий, вроде Квартов или Квартовский, почти нет, что делает Квартина ещё более индивидуальным именованием. В любом случае, за фамилией стоит не имя святого или географическое название, а конкретное занятие или бытовая деталь — ремесло, торговля или музыка.