Фамилия Лапекин образована от прозвища или нецерковного имени Лапека. В русских говорах, особенно на северо-западе и в Поволжье, «лапекой» называли человека с большими или неловкими руками (от слова «лапа»), а также неуклюжего, медлительного человека. Вторая, менее распространенная версия, отсылает к диалектному глаголу «лапекать» — говорить невнятно, мямлить, то есть прозвище могло характеризовать манеру речи.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность «сын Лапеки» или «человек из дома Лапеки». В отличие от более частотных фамилий на -ов, суффикс -ин в северных и центральных губерниях был распространен шире, что может указывать на исконный ареал фамилии. В словаре Б. Унбегауна подобные модели описаны как «фамилии от прозвищ, оканчивающихся на -а».

Фамилия редкая, не входит в списки сотен самых частых русских фамилий. Встречается преимущественно в Нижегородской, Костромской и Кировской областях — регионах, где диалектная лексика сохраняла слово «лапека» дольше всего. В документах XVII–XVIII веков могли фиксировать форму «Лапекин» или «Лапека» без фамильного суффикса, что характерно для ранних этапов закрепления прозвищ.

Родственные фамилии — Лапкин, Лапухин, Лапшин — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами. Лапекин стоит особняком из-за редкого суффикса -ек- в основе: если Лапкин напрямую от «лапа», то Лапекин — от более сложной формы, что делает фамилию ценной для ономастики как пример сохранения диалектного словообразования.