Фамилия Лобатова — женская форма фамилии Лобатов, а та, в свою очередь, восходит к прозвищу Лобат. В русском языке суффикс -ат- указывал на обладателя яркой внешней черты: лобатый — это человек с большим, выпуклым лбом. Слово «лоб» в старину могло означать не только часть лица, но и крутой склон, обрыв, однако в прозвищах обычно фиксировали физическую особенность.

По словообразовательной модели фамилия Лобатов родственна фамилиям Губатов (от «губастый»), Носатов (от «носатый»), Зубатов (от «зубатый»). Все они строились по одному принципу: прилагательное с суффиксом -ат- становилось основой для прозвища, а затем от него образовывалась фамилия на -ов. Это типичная модель для русских фамилий, сложившихся в XV–XVII веках.

Встречается фамилия в основном в центральных регионах России, особенно в бывших Владимирской и Костромской губерниях. Там же зафиксированы и однокоренные фамилии — Лобанов, Лобачев, Лобов. Разница между ними в суффиксе: Лобанов — от прозвища Лобан (крупный лоб), Лобачёв — от Лобач (уменьшительное), а Лобатов — именно от прилагательного «лобатый», то есть «лобастый».

Сословного барьера фамилия не имела: её могли носить и крестьяне, и посадские люди. В писцовых книгах XVII века встречаются упоминания крестьян Лобатовых, но без точной датировки и привязки к конкретному уезду утверждать что-либо сложно. Известных исторических деятелей с этой фамилией нет, что типично для фамилии, образованной от бытового прозвища и не попавшей в дворянские родословные книги.