Фамилия Лоханкова — женская форма, а мужская, Лоханков, образована по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ов. Основа здесь — прозвище Лоханок, Лохань. Самое прямое и очевидное значение: лохань — это деревянная или металлическая посуда, вроде широкого таза, которую использовали для стирки, мытья посуды, корма скота. Прозвище Лоханка могли дать бондарю, который делал такие изделия, или человеку, который торговал ими. В русских говорах слово «лохань» имело и переносные значения: так могли назвать неопрятного, неряшливого человека — «как из лохани». Но есть и другая версия, менее бытовая, но более интересная для историка.

В новгородских и псковских говорах «лохань» могло означать не только посуду, но и небольшой залив, заводь, яму, заполненную водой. В этом случае прозвище Лохань давали человеку, жившему у такого водоёма. Фамилия Лоханков, таким образом, могла возникнуть в северо-западных землях Руси, где топонимические прозвища были особенно распространены. Суффикс -ок в основе (Лоханок) мог указывать на уменьшительную форму — «маленькая лохань» или «сын Лохани», что типично для русских фамилий, где прозвище отца переходило к детям в ласкательной форме.

В словаре Б. Унбегауна фамилии на -ов/-ев от названий предметов быта описаны как одни из самых частых, но конкретно Лоханков встречается редко. Это говорит о том, что носители фамилии, скорее всего, происходят из одной локальной группы, а не рассеяны по всей России. Встречаются варианты написания с одной «н» — Лохакова, но это, вероятно, результат ошибки переписчиков или упрощения произношения. Географически фамилия чаще всего фиксируется в центральных областях России, особенно в бывших Рязанской и Тамбовской губерниях, где бондарное ремесло было развито, а слово «лохань» сохранилось в активном обиходе.