Фамилия Лубяин — редкий случай, когда суффикс -ин присоединился не к имени или профессии, а к топониму, причём в нестандартной форме. В русской ономастике фамилии на -ин обычно образуются от основ на -а/-я (Петров — Пётр, но Птицын — птица). Здесь же основа «Лубяи» — это, скорее всего, искажённое или диалектное название реки Лубянка или местности Лубяное, Лубянка. Такие названия встречаются в бассейне Оки и Вятки, где есть речки с корнем «луб» (внутренняя часть коры липы, из которой драли лыко).

Вероятнее всего, предок носителя фамилии был выходцем из села или деревни с названием Лубяи, Лубянка или Лубяное. Жителей таких мест могли называть «лубяи» (по аналогии с «москвичи» — «москвич», но в местном говоре), а затем закрепилось отчество-фамилия «Лубяин» — то есть «сын лубяина». Альтернативная версия, что фамилия произошла от прозвища Лубяй, данного человеку, который занимался заготовкой лыка или делал лубяные короба, маловероятна: прозвище скорее дали бы в форме Луб, Лубяник или Лубянщик, а суффикс -яй в прозвищах редок и обычно указывает на действие (как «гуляй»).

По сословной принадлежности Лубяины, скорее всего, были крестьянами или однодворцами. Фамилия не встречается в дворянских родословных книгах, а её географическая привязка к северным и центральным губерниям России (Вологодская, Костромская, Вятская) подтверждает народное происхождение. В современных справочниках фамилия крайне редкая: по данным переписей, её носители сосредоточены в основном в Кировской области и Удмуртии — как раз в зоне бытования говоров, где «лубяи» могло означать «жители с Лубянки».