Фамилия Любачко звучит на украинский или юго-западный русский лад. Её выдает суффикс -ко, который в этих землях был чрезвычайно продуктивен: он превращал прозвище или имя в фамилию, буквально означая «маленький», «сын такого-то» или просто «человек, относящийся к тому, что в корне».

Основа здесь — «Любач». Это могло быть производным от имени Люб (из Любим, Любава) или от прозвища, данного человеку за его привязанность, любвеобильность или, наоборот, за то, что он был «люб» — мил, приятен в общении. В старых польских и малороссийских документах встречается и топоним Любач (например, Любачув), так что фамилия могла закрепиться за выходцем из такого места.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «любачить» (в диалектах — «лакомиться», «привередничать»). Тогда прозвище Любач получал человек с причудами в еде или капризный. Однако большинство фамилий на -ко в этой среде образовывались от личных имён или ласковых прозвищ, поэтому версия с «любимым» остаётся основной.

В сословном плане носители фамилии Любачко, скорее всего, относились к крестьянству или казачеству Правобережной Украины, Волыни или Подолья. Суффикс -ко у поляков и украинцев часто встречался и у мещан, и у шляхты, но без приставки «-ский» это указывает скорее на простое происхождение. В XIX веке фамилия фиксируется в метрических книгах Киевской и Подольской губерний.

Интересно, что ударение в фамилии плавающее: одни ветви произносят Любачко́, другие — Лю́бачко. Второй вариант (с ударением на первый слог) характерен для северных говоров, куда фамилия могла мигрировать с переселенцами, и тогда она воспринимается как более «обрусевшая».