Фамилия Магдаленина — женская форма, образованная от мужской Магдаленин. Её основа — имя Магдалена, которое в переводе с иврита означает «из города Магдалы». Само название Магдала происходит от корня «магда» и означает «башня, возвышенное, укреплённое место, крепость». Так что, если отбросить всю культурную и религиозную символику, в основе фамилии лежит вполне земной образ: человек, чей род происходит из места, которое назвали в честь башни или крепости.

В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: Магдаленин — это сын или потомок человека по имени Магдален. Имя Магдалена в России никогда не было массовым, поэтому и фамилия встречается редко. Чаще всего её могли получить в среде духовенства или в семьях, где почитали библейские имена, — необязательно напрямую связанных с церковью, но достаточно набожных, чтобы назвать дочь в честь Марии Магдалины. В крестьянской среде такое имя почти не встречалось, поэтому фамилия Магдаленина, скорее всего, книжного или городского происхождения.

Интересно, что в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются преимущественно от мирских имён и прозвищ, фамилии на -ин от имён, заимствованных через церковнославянский язык, часто указывают на более поздний слой — XVIII–XIX века, когда фамилии начали закрепляться за семинаристами и мещанами. Если ваши предки носили эту фамилию, они могли быть выходцами из духовного сословия или из городской среды, где ценили «говорящие» имена с библейским подтекстом.