Фамилия Магдалианидис — это греческое отчество второго порядка, которое строится по той же модели, что и многие фамилии в греческом языке. Она означает «сын Магдалиани (или Магдалияни)», а тот, в свою очередь, был внуком человека по имени Магдала. Фактически фамилия закрепляет происхождение от предка с этим именем.

В основе лежит женское имя Магдалина, точнее — его сокращённая форма Магдала. Само имя восходит к новозаветной Марии Магдалине, которая, согласно Евангелию, происходила из селения Магдала на берегу Галилейского моря. Название этого поселения на иврите означает «башня», поэтому имя Магдалина переводится как «жительница Магдалы».

Греческий суффикс -идис в фамилии — типичный патронимический показатель, который указывает на принадлежность к роду. В данном случае он присоединяется не к самому имени Магдала, а к его производной форме Магдалиани. Такая цепочка — Магдала → Магдалиани → Магдалианидис — характерна для греческой ономастики, где фамилии нередко фиксируют не одно, а два поколения назад.

Фамилия Магдалианидис встречается преимущественно в Греции и среди греческой диаспоры. В России и странах бывшего СССР она редка и чаще всего принадлежит потомкам греков, переселившихся в Причерноморье или на Кавказ в XIX — начале XX века. Написание с конечным -с (а не, скажем, Магдалианиди) указывает на именительный падеж мужского рода в греческом языке, что подтверждает её происхождение из греческой среды.