Фамилия Магдалиевы — редкий случай, когда её основа, скорее всего, не связана с христианской Марией Магдалиной, а уходит корнями в тюркскую или арабскую среду. Исходное имя Магдали, по наиболее распространённой версии, составное: первая часть восходит к имени Магди (от арабского «хаден» — вести за собой, направлять на путь истины), а вторая — к имени Али («высокий, возвышенный»). В сумме это даёт значение вроде «возвышенный, следующий за Аллахом» или «посланный свыше».

Такие двукоренные имена характерны для мусульманской традиции, и в XV–XVII веках они могли проникать в русскую среду вместе с выходцами из Золотой Орды, печенегами или половцами. Многие дворянские роды в России имели нерусские корни, и фамилия Магдалиев — один из тех памятников восточной письменности, который сохранился в русской ономастике.

Модель образования проста: к основе Магдали прибавили типичный русский фамильный суффикс -ев, который указывает на принадлежность («чей?» — Магдалиев). Интересно, что ударение в фамилии обычно падает на второй слог (Маг-да́-ли-ев), что отличает её от библейского имени Магдали́на.

Встречается фамилия крайне редко. Основной ареал — юг России и Поволжье, где исторически сильны тюркские влияния. В дореволюционных метрических книгах носители могли записываться и как Магдалиевы, и как Магдалиевы с одним «и» — вариативность написания не редкость для фамилий, вышедших из иноязычной среды.