Фамилия Магдалиев образована от сложносоставного арабского имени Магдали. В его основе два самостоятельных имени: Магди и Али. Имя Магди восходит к арабскому слову со значением «вести, направлять на путь истины», поэтому его смысл — «следующий по пути, предначертанному Аллахом», «посланный или дарованный Аллахом». Имя Али означает «высокий, возвышенный, человек высокого достоинства». В сумме имя Магдали переводят как «возвышенный, следующий за Аллахом».

Фамилия Магдалиев — редкая для русской ономастики. Её словообразовательная модель типична для фамилий, возникших в среде народов, исповедующих ислам: к основе (имени) добавляется русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих). Такие фамилии обычно фиксировались у татар, башкир, народов Кавказа и Средней Азии, которые входили в состав Российской империи. В отличие от исконно русских фамилий, где суффикс -ев чаще указывает на принадлежность отцу (чей сын), здесь он выполняет ту же роль, но закрепляет мусульманское имя в русской официальной формуле. Встречаются также варианты написания Магдалиев и Магдалиев — это связано с особенностями передачи арабских имён через русскую графику в разных регионах.