Фамилия Магдалиди образована от имени Магдала, которое представляет собой производную форму женского имени Магдалина. Оно в переводе с иврита означает «жительница Магдалы». Именование Магдалина принадлежало новозаветной Марии Магдалине, которая была родом из деревни Магдала, расположенной на Галилейском море. Название Магдала на иврите означает «башня». Таким образом, потомок человека, которого звали Магдала, со временем получил фамилию Магдалиди.