Фамилия Магдалиди — греческого происхождения, что сразу видно по её финалу. Суффикс -иди (в русской передаче часто -иди, -идис) — один из самых распространённых патронимических формантов в новогреческом языке. Он означает «сын» или «потомок», то есть Магдалиди — «сын (или потомок) Магдалы». В Греции такие фамилии на -ίδης (-idis) были особенно популярны в Малой Азии, Понте и на островах, а после обмена населением в начале XX века распространились по всей стране. Так что предки носителя этой фамилии, скорее всего, были греками-понтийцами или малоазийскими греками.

Основа фамилии — личное именование Магдала. Это производная, сокращённая форма от канонического женского имени Магдалина. Имя Магдалина в переводе с иврита означает «жительница Магдалы» — деревни на берегу Галилейского моря, откуда, по Евангелию, была родом Мария Магдалина. Само название Магдала на иврите (мигдаль) значит «башня». Таким образом, в основе цепочки лежит библейский топоним, ставший именем, а затем прозвищем.

Интересно, что в греческой традиции фамилию по женскому имени (Магдалина) давали нечасто — обычно в семьях, где мать или бабушка играла особую роль, либо если ребёнок рос без отца. Однако здесь форма Магдала могла быть и мужским прозвищем — например, человека, который вёл себя гордо и неприступно, «как башня», или был связан с церковью. В русских документах фамилия Магдалиди встречается с XIX века, в основном среди греческих переселенцев в Крыму и Приазовье (Мариупольский греческий округ). Встречаются варианты написания: Магдалидис, Магдалидзе (последний — под влиянием грузинского языка).