Фамилия Магдалянов — один из тех редких случаев, когда в основе лежит не прозвище и не профессия, а личное имя, причём не славянское, а библейское, да ещё и в женской форме. Всё дело в имени Магдалина. Так в христианской традиции называют Марию из Магдалы — ученицу Христа. Но как женское имя стало основой для мужской фамилии? Тут два пути.

Первый и самый очевидный: фамилия образована от мужского имени Магдалян. Звучит необычно, но в южнославянской и греческой традиции (а через них и на юге Российской империи) встречались мужские имена, производные от женских библейских — например, Антон от Анны, Магдалян от Магдалины. Второй вариант: фамилия могла возникнуть через отчество от прозвища Магдаля, которое давали человеку, каким-то образом связанному с церковью или, реже, с женщиной по имени Магдалина (например, сын Магдалины).

Суффикс -ов указывает на типичную восточнославянскую модель: «чей?» — Магдалянов, то есть сын или потомок Магдаляна. Фамилия очень редкая, её географическое ядро — скорее всего, южные регионы бывшей Российской империи (Кубань, Дон, Новороссия), где были сильны греческие и болгарские переселенческие общины. Унбегаун в своём словаре русских фамилий упоминает подобные образования от церковных имён, но сама фамилия Магдалянов не относится к массовым — это скорее локальный ономастический артефакт.

Если сравнивать с однокоренными, то Магдалинов или Магдалинский встречаются ещё реже. А вот фамилия Магдалянов сохранила в себе архаичную форму, которая в бытовой речи давно уступила место более привычным вариантам. Так что носитель этой фамилии с высокой вероятностью — потомок человека, которого в церковной среде или по семейной традиции назвали редким именем в честь Марии Магдалины.