Фамилия Магоне — редкий случай, когда происхождение не лежит на поверхности и не укладывается в привычные для русского уха модели. В ней нет ни типичного суффикса -ов/-ев, ни -ин, которые указывают на принадлежность отцу или хозяину. Окончание -е скорее характерно для украинской или белорусской традиции (сравните: Тимошенко, Коваленко, но с усечением — Магоне). Однако есть и другая, более вероятная версия: фамилия могла прийти в русский язык из итальянского, где Magone — достаточно распространённая фамилия.

Если отталкиваться от итальянского корня, то Magone — это, скорее всего, прозвище. В основе лежит слово «mago» — волшебник, маг, чародей. Суффикс -one в итальянском часто придаёт увеличительное или усилительное значение, иногда с оттенком шутки или иронии. Таким образом, Magone могло означать «великий маг», «большой колдун» или даже «шарлатан» в переносном смысле. В средние века такое прозвище мог получить человек, который занимался врачеванием травами, предсказаниями или просто слыл хитрецом и выдумщиком.

Славянская версия тоже имеет право на существование, хотя и менее распространена. В некоторых южнославянских языках (сербский, хорватский) слово «mag» может означать «туман» или «мгла». Тогда Магоне — человек, который живёт в туманной местности, либо прозвище для рассеянного, «туманного» человека. Однако эта гипотеза слабее: в славянских фамилиях на -оне обычно указывают на польское или украинское влияние, где конечное -е могло закрепиться в результате адаптации.

Географически фамилия Магоне в России встречается точечно, в основном на юге — в Краснодарском крае и Ростовской области. Это косвенно подтверждает итальянский след: в XIX веке в Новороссии и Причерноморье оседали итальянские колонисты, торговцы и строители. Фамилия могла быть принесена одним из таких переселенцев и со временем обрусела, сохранив исходное звучание. В любом случае, Магоне — фамилия, которая выбивается из ряда стандартных русских моделей, и её носитель почти наверняка имеет предка с необычной профессией или прозвищем.