Фамилия Магоня — наглядный пример того, как в русской ономастике работает «усечение» и суффиксация. В её основе лежит не полное имя, а его сокращённая форма, что указывает на бытовое, неофициальное происхождение прозвища.

Корень здесь — Магон-, который восходит к крестильному имени Магн (от латинского magnus — «великий»). В православных святцах это имя встречается редко, но на Руси его давали, особенно в южных и западных регионах, где латинское влияние было сильнее. От полного имени образовали уменьшительную форму Магоня — так же, как от Иван получается Ваня, а от Степан — Стёпа. Суффикс -он- в данном случае выполняет ту же роль, что и более привычный -ан- или -ян-: он превращает имя в ласкательное или обиходное прозвище.

Есть и вторая, менее вероятная версия: что прозвище Магоня дали человеку по черте характера. В некоторых южнорусских говорах слово «магонить» означало «медлить, тянуть, делать что-то неспешно». Тогда Магоня — это «копуша» или «медлительный человек». Однако эта гипотеза слабая: глагол узко диалектный и не дал устойчивого прозвищного гнезда, в отличие от имён.

Фамилия встречается преимущественно на западе России, в Брянской и Смоленской областях, а также в Беларуси. Это указывает на то, что её носители — потомки крестьян или мещан из тех краёв. Социальный статус предков был, скорее всего, невысоким: фамилии на -я, образованные от усечённых имён, типичны для простонародья, а не для дворянства.

Итог прост: Магоня — это «Магн» в бытовом, домашнем варианте. Предок носителя фамилии, вероятно, был обычным человеком, которого в семье или в деревне звали по имени, но сокращённо и ласково.