Фамилия Маландраки звучит для русского уха необычно, и это не случайно: её корни лежат не в славянской, а в греческой языковой среде. Она образована по распространённой греческой модели с суффиксом -аки, который в новогреческом языке указывает на принадлежность или происхождение (аналог русского -ов/-ев или -ский). Таким образом, основа «Маландр-» плюс суффикс -аки дают значение «потомок (или родственник) Маландраса» или «выходец из места, связанного с Маландрой».

Сама основа, скорее всего, восходит к греческому слову «маландра» (μαλάνδρα) — так в некоторых диалектах называли угольную яму или место выжига древесного угля. Это прозвище мог получить человек, занимавшийся углежжением, — ремеслом, распространённым в лесистых районах Греции и Малой Азии. Вторая, менее вероятная версия связывает «Маландру» с искажённым греческим «маландрино» — «петух», но это даёт скорее прозвище по характеру, а не по занятию.

Географически фамилия Маландраки встречается в основном в регионах, где исторически были греческие общины: на юге Украины (особенно в Одесской области), в Крыму, а также в Греции. В Российскую империю носители фамилии попали, вероятно, в ходе массовых переселений греков из Османской империи в XVIII–XIX веках, когда они основывали колонии в Причерноморье. Сословно это были, скорее всего, крестьяне или ремесленники, а не знать.

Словообразовательная модель фамилии — чисто греческая, без славянских суффиксов, поэтому в русском языке она сохранила исходное звучание. Окончание -и не склоняется по падежам в мужском роде (Маландраки, о Маландраки), что типично для фамилий греческого происхождения в русском языке. В отличие от фамилий на -огло или -пуло, которые тоже греческие, -аки указывает на более восточное (понтийское или малоазийское) происхождение предков.