Фамилия Маландзия — редкий случай, когда географическое происхождение почти не вызывает споров, а вот корень остаётся загадкой. Основная масса носителей живёт в Абхазии и среди абхазской диаспоры в Турции. Это сразу отсекает привычные для русских фамилий суффиксы -ов, -ин, -ский. Перед нами — фамилия, застывшая в форме, близкой к исходному прозвищу или имени.

Скорее всего, в основе лежит абхазское или абазинское слово. Самая правдоподобная версия связывает Маландзия с «амалан» — «пастух» или «скотовод». Суффикс -дзия в абхазских фамилиях часто указывает на принадлежность к роду или местности (сравните: Адзинба, Лагулаа). Тогда Маландзия — это «из рода пастухов» или «пастуший». В аграрном обществе Кавказа прозвище по занятию было естественным способом идентификации семьи.

Есть и другая гипотеза, менее надёжная: от тюркского имени Малан (вариант Мелан) с добавлением абхазского патронимического показателя. Но тюркские имена в Абхазии встречались, но реже, чем местная лексика. Версия с пастухом выглядит убедительнее, поскольку скотоводство было основой хозяйства многих абхазских родов.

Примечательно, что фамилия не меняла формы при переходе в русский язык. В документах XIX — начала XX века, когда абхазские фамилии записывали чиновники, Маландзия осталась без добавления -ов или -ев. Это говорит о том, что фамилия закрепилась в письменной традиции достаточно поздно, уже после того, как русская администрация перестала насильно русифицировать кавказские фамилии.

Внутри самой Абхазии фамилия нечастотна. Носители Маландзия — это, скорее всего, потомки одной родовой группы, жившей в горной или предгорной местности, где пастушество было главным промыслом. Сословно они, вероятно, относились к свободным крестьянам-общинникам, а не к княжеским родам, что косвенно подтверждает «рабочую» версию происхождения.