Фамилия Маланьин — одна из тех русских фамилий, которые хранят в себе память о женском имени. В её основе лежит просторечная форма канонического имени Меланья (от греческого «мелайна» — чёрная, тёмная). В русском быту имя Меланья превратилось в более привычное Маланья, и именно от этой народной формы и пошла фамилия с типичным патронимическим суффиксом -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Маланьин буквально означает «сын Маланьи».

Среди этимологов нет единого мнения о происхождении этой фамилии. Основная и самая правдоподобная версия — связь с женским именем. Однако есть и альтернативные гипотезы. Некоторые исследователи возводят фамилию к прилагательному «малый», предполагая, что прозвище Маланья могли дать человеку невысокого роста. Эта версия объясняет появление фамилии через внешний признак, но встречается реже.

Другую, менее вероятную гипотезу связывают с украинским словом «мала» — приспособлением для выравнивания грунта на орошаемых землях. Если принять эту версию, то предок Маланьиных мог быть земледельцем, использующим такой инструмент. Но эта этимология кажется натянутой: слишком далека семантика от привычного звучания русского имени.

Тем не менее, наиболее убедительным остаётся объяснение через женское имя Меланья-Маланья. Фамилии, образованные от женских имён, в русской традиции встречаются реже, чем от мужских, но они существуют — обычно в тех случаях, когда женщина была главой семьи или когда имя матери становилось основой для прозвища детей. Фамилия Маланьин — как раз такой случай: она закрепилась за потомками женщины по имени Маланья.