Основой фамилии Маланьин послужило церковное имя Меланья. Скорее всего, основой для фамилии Маланьин послужило женское имя Меланья (в переводе с греческого языка – «черная»), точнее его просторечная форма Маланья. Согласно другой версии, фамилия Маланьин восходит к прилагательному «малый». Нельзя исключить, что фамилия Маланьин образовалась благодаря внешним признакам человека, например, маленькому росту. Менее вероятной представляется этимологическая связь этой фамилии со словом «мала», которое в украинском языке означает «приспособление для выравнивания грунта на орошенной земле». В таком случае данная фамилия указывала на род деятельности предка: он был земледельцем. Тем не менее, версия происхождения этой фамилии от имени Маланья представляется наиболее правдоподобной. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Маланья, со временем получил фамилию Маланьин.