Фамилия Маланьин — один из тех случаев, когда за привычным звучанием стоит неочевидная история. Вопреки догадкам, её основа — не мужское, а женское имя, что для русских фамилий редкость.

Самая правдоподобная версия ведёт к крестильному имени Меланья (от греческого melaina — «чёрная», «тёмная»). В просторечии имя превратилось в Маланью, а от него через стандартную модель «чей?» — «Маланьин» образовалась фамилия. Такое происхождение значит, что родоначальником мог быть человек, носивший прозвище по матери или жене, либо сама Маланья была главой семьи (вдова или хозяйка двора). В русской ономастике это редкий «матримониальный» след, когда фамилия пошла не от отца, а от матери.

Есть и вторая гипотеза, но она слабее. Фамилию могли связать с корнем «мал-» и прилагательным «малый»: прозвище Маланя (с суффиксом субъективной оценки) давали невысокому человеку. Тогда фамилия указывала бы на внешность, а не на имя. Однако такая словообразовательная цепочка (Малой → Маланя → Маланьин) менее типична для русских фамилий, чем переход от церковного имени.

Совсем маловероятна версия, выводящая фамилию из украинского слова «мала» — сельскохозяйственного орудия для выравнивания почвы на поливных землях. Даже если предок и был земледельцем, прозвище от названия орудия труда обычно давали самому инструменту или его владельцу, но форма «Маланья» тут необъяснима: от «мала» логичнее ждать фамилии Малаев или Малов.

Фамилия Маланьин — живой пример того, как женское имя, вопреки патриархальной традиции, стало родовым. Её носители, скорее всего, вели род от Маланьи — либо по материнской линии, либо от человека, которого в округе знали как «Маланьина сына» или «Маланьина мужа».