Фамилия Малкуш — пример того, как семейное или детское прозвище закрепилось в качестве официального родового имени. Основа у неё прозрачная: корень «мал-» указывает на маленький рост или младший возраст. Так могли назвать самого младшего ребёнка в семье, который долго оставался «мальцом» или «малышом». Подобные прозвища — Малко, Малюта, Малец — были распространены в русской среде, и фамилия Малкуш встраивается в этот ряд, но с характерным суффиксом -уш. Эта модель (как в фамилиях Ванюш, Петруш) часто встречается в западных и юго-западных регионах бывшей Российской империи, где уменьшительные формы имён и прозвищ охотно оформлялись именно так.

Есть и другая версия, менее очевидная для русского уха. Имя Малка (или Малкуш как его производная) могло прийти из идиша, где «малка» означает «королева» или «владычица». В этом случае фамилия несёт не описательную, а именную основу, и её носители могли быть выходцами из еврейских местечек. Обе гипотезы не исключают друг друга: в разных семьях фамилия могла возникнуть независимо — по росту или от женского имени.

На практике фамилия Малкуш встречается нечасто, но имеет географическую привязку. В Книге памяти Самарской области упоминается Корнелий Степанович Малкуш, родившийся в 1889 году в Волынской губернии. Волынь — исторический регион на стыке украинских, польских и белорусских земель, где смешивались славянские и еврейские традиции имянаречения. Это делает волынское происхождение носителя важной зацепкой: именно там обе версии — и «малорослый», и «королева» — могли реализоваться с равной вероятностью.