Фамилия Мамукин образована от прозвища или нецерковного имени Мамука. В основе лежит слово «мамука» — в южнорусских и украинских говорах так называли кормилицу, мамку, а иногда и просто ласково обращались к матери. Однако мужская фамилия Мамукин вряд ли напрямую связана с женским занятием. Скорее всего, прозвище Мамука получил мужчина изнеженный, слишком привязанный к матери или, напротив, тот, кто воспитывал чужих детей, выполнял обязанности дядьки-воспитателя.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мамукин значит «сын Мамуки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я. В этом Мамукин похожа на Дядин, Тётин, Батькин — все они восходят к родственным прозвищам. Интересно, что фамилия редкая и встречается почти исключительно в южных регионах России, особенно в Ростовской области и Краснодарском крае. Это подтверждает её диалектное происхождение.

Есть и другая, менее вероятная версия: от тюркского имени Мамук (вариант Маммак), которое в переводе означает «хвалящий», «прославляющий». В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилии на -ин от тюркских основ в русском языке не редкость, но тогда логичнее ожидать форму Мамуков. Поэтому первая версия — от русского диалектного слова — надёжнее.

В дореволюционных источниках Мамукины — это в основном крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Сейчас фамилия остаётся малочисленной, и её носители по-прежнему сосредоточены на юге России, что делает её хорошим маркером регионального происхождения предков.