Фамилия Манашин образована от имени или прозвища Манаша. В основе лежит форма Мана — краткий вариант христианского имени Мануил (древнееврейское «с нами Бог») либо уменьшительное от Емельян (греческое «льстивый»). Суффикс -ин указывает на принадлежность: Манашин — «сын Манаши».

Модель образования здесь простая, без редких суффиксов. Фамилия могла возникнуть в среде крестьян и посадских людей. Для них было характерно именовать отца по сокращённой домашней форме, а не по полному церковному имени. Если пращур получил в быту имя Манаша, его дети автоматически становились Манашиными.

География фамилии сосредоточена в центральных и южных регионах России, особенно в Рязанской, Тамбовской и Воронежской областях. Встречается она и в восточных районах Украины, что объясняется переселениями крестьян в XVIII–XIX веках. В дореволюционных переписях Манашины фиксировались как однодворцы и государственные крестьяне.

Стоит различать фамилию с однокоренной Манашев: вторая образована с помощью суффикса -ев, что бывает характерно для фамилий от основ на мягкий согласный или -й. Манашин — более архаичный вариант, сохранивший твёрдое окончание, что может указывать на более раннее оформление фамилии в северных или центральных уездах.

Известных носителей с широкой известностью нет, что типично для фамилий, не попавших в дворянские родословные книги. Это обычная фамилия русского крестьянства и мещанства, чья история не отражена в биографических справочниках, но хорошо прослеживается по архивным метрическим книгам и ревизским сказкам.