Фамилия Марандук — редкий случай, когда основа почти наверняка не славянская, а тюркская или монгольская, причём с возможным религиозным или мифологическим оттенком. В русском языке фамилия оформлена по продуктивной модели с суффиксом -ов, который в данном случае мог присоединиться к прозвищу Марандук уже после того, как предок перешёл в русскоязычную среду. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Марандуков, то есть сын или потомок человека по прозвищу Марандук.

Самая прямая версия связывает основу с именем Мардук — верховного божества вавилонского пантеона. В тюркских языках, особенно у народов, контактировавших с Передней Азией (например, у некоторых групп татар или башкир), имя Мардук могло попасть через исламскую или доисламскую традицию. Переход «р» в «ран» — типичное явление при заимствовании через устную речь: в тюркских языках часто вставляют или меняют гласные для удобства произношения. Прозвище Марандук могли дать человеку, которого в шутку называли «богом» или «грозным», либо так могли прозвать служителя культа.

Менее вероятна, но возможна версия от тюркского слова «маран» (в ряде диалектов — «змея», «дракон») с добавлением аффикса -дук, образующего прилагательное или причастие. Тогда Марандук означало бы «змеиный» или «похожий на змея» — прозвище, данное человеку с изворотливым характером или внешним сходством. Однако эта гипотеза слабее, потому что в тюркской ономастике сочетание «маран+дук» как личное имя не зафиксировано, тогда как имя Мардук известно.

Географически фамилия могла закрепиться в Поволжье, на Урале или в Сибири — регионах, где русские фамилии на -ов нередко возникали на базе тюркских прозвищ. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Марандуков встречается единично, в основном среди крестьянского или казачьего сословия. Известных носителей с такой фамилией в публичном поле нет, что подчёркивает её редкость и локальный характер.