Фамилия Марфенко ведет свое начало от крестильного женского имени Марфа, которое в переводе с древнееврейского означает «владычица». На Руси имя считалось очень распространенным, но в основном среди простого народа. Однако в высших кругах это имя никогда не пользовалось популярностью. Поэтому можно предположить, что фамилия Марфенко содержит указание на время рождения основателя рода. В результате, потомок женщины, обладающей именем Марфа, со временем получил фамилию Марфенко.