Фамилия Марутян — армянская, и её разумнее всего рассматривать в контексте армянской ономастики, а не через привлечение тюркских или арабских корней. Армянские фамилии с суффиксом -ян (и его вариантом -янц) — одни из самых распространённых: они указывают на принадлежность к роду, буквально «из семьи такого-то». Так что Марутян — это «из рода Марута».

Основа фамилии — личное имя Марут. В армянском языке имя Марут может быть как самостоятельным, так и производным от более древних форм. Чередование конечных согласных д/т, о котором идёт речь в некоторых версиях, объясняется не столько историческими процессами в языке, сколько тем, что в армянском оглушение звонких на конце слова — явление обычное. То есть исходное Маруд при записи по-русски могло превратиться в Марут, а от него уже образовалась фамилия.

Версия, связывающая фамилию с топонимом Маруд (Мерв), — возможна, но маловероятна. Мерв — древний город на территории современного Туркменистана, и его арабское название «верхний луг» никак не соотносится с армянской фамильной моделью. Если бы предок носителя фамилии был выходцем из Мерва, его, скорее всего, назвали бы Мервян или Мервци, а не Марутян. Связь с тюркским именем Маруд тоже выглядит натянутой: для армянских фамилий гораздо органичнее опора на собственные, христианские или древнеармянские имена.

Имя Марут встречается в армянской среде, хотя и не так часто, как, скажем, Арутюн или Петрос. Оно могло быть уменьшительной формой от Мартирос (Мартирос → Март → Марут) или восходить к древнеперсидскому корню со значением «мужчина, воин». В любом случае, фамилия Марутян — классический пример патронимической модели: предка звали Марут, а его потомки стали Марутянами.