Фамилия Марышина образована по самой распространённой в русском языке модели — с суффиксом -ин, который указывал на принадлежность «чей?»: сын или дочь человека по имени Марыша. Основа здесь — неканоническое имя или прозвище Марыша, которое, скорее всего, является производной формой от крестильного имени Марья (Мария). В русской народной среде имя Мария, особенно в уменьшительно-ласкательных вариантах, давало множество производных: Маря, Маня, Маша и, в том числе, Марыша. Суффикс -ыш- в данном случае — характерный для образования ласкательных или «детских» форм имени: как Глаша от Глафира, Саша от Александр, так и Марыша от Марья.

Есть и другая, менее очевидная версия: Марыша могло быть прозвищем, образованным от диалектного слова «марыш». В некоторых говорах так называли мелкую рыбу, ерша или пескаря, или же невысокого, юркого человека. Однако, учитывая, что женская форма фамилии Марышина предполагает исходную мужскую фамилию Марышин (чей сын? — Марышин), а само имя Марыша звучит как типичное народное производное от Марии, версия с именем выглядит убедительнее. Прозвища от названий рыб редко давали женщинам, а Марыша — вполне обычное женское имя в дореволюционной деревне.

Фамилия Марышина — относительно редкая. Она не имеет географической привязки к конкретному региону, как, например, фамилии на -их/-ых, и встречается рассеянно по разным областям России. Это говорит о том, что её носители не составляли крупного изолированного рода, а фамилия закреплялась в отдельных семьях независимо друг от друга. По сословной принадлежности предки Марышиных, скорее всего, были крестьянами или мещанами — именно в этих слоях были широко распространены фамилии, образованные от уменьшительных форм крестильных имен без дополнительных суффиксов (вроде Петров или Иванов — это «высокие» формы, а Марышин — «домашняя», бытовая).

С точки зрения словообразования фамилия Марышина стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Глашина, Пашина, Сашина — все они происходят от ласкательных вариантов полных имен. Единственное отличие — имя Марыша сегодня почти вышло из употребления, поэтому фамилия звучит архаично и несёт отпечаток той языковой среды, где женщину в семье звали не иначе как «Марыша», и это имя закрепилось за её потомками.