Фамилия Машкарян — яркий пример армянской модели фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -ян. В армянской ономастике этот суффикс означает «принадлежащий к роду» или «потомок», аналог русских окончаний -ов/-ев. Основа фамилии — личное имя Машкар или прозвище Машкарь. Само имя Машкар в армянской традиции не является каноническим церковным, а скорее восходит к разговорной форме. Наиболее вероятная версия связывает его с армянским словом «машк» — кожа или шкура. В таком случае прозвище Машкар мог получить кожевник, скорняк или торговец кожами — ремесленник, работавший с выделкой шкур. Это типичная для фамилий ситуация, когда профессия отца или основателя рода закреплялась в родовом имени.

Менее распространённая гипотеза выводит основу от тюркского слова «машкар» — шутник, насмешник. В армяно-тюркском пограничье такие заимствования встречались, но для образования фамилии этот вариант выглядит менее правдоподобным: профессиональные прозвища давали фамилиям бóльшую устойчивость, чем бытовые характеристики.

Фамилия Машкарян исторически распространена в регионах исторической Западной Армении и среди армянской диаспоры. Встречаются варианты написания — Машкарьян, Машкерян, где гласная во втором слоге меняется под влиянием диалектного произношения. В России и странах постсоветского пространства фамилия фиксируется в основном в армянских общинах крупных городов.

Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и крестьяне, и ремесленники, и купцы. Главный маркер — армянское этническое происхождение и связь с ремесленной или торговой средой, если верна «кожевенная» версия.