Фамилия Масуков образована по типичной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Масуков, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Масук. В основе лежит личное имя или прозвище Масук, которое, скорее всего, является уменьшительной или обиходной формой от крестильного имени Матфей (в бытовом произношении часто звучало как Матфей, Матвей, а в диалектах — Масук). Суффикс -ук в данном случае характерен для украинских, белорусских и южнорусских говоров, где он выполняет ту же роль, что и русское -ка: Масук — это «маленький Матвей» или «сын Матвея». Таким образом, фамилия Масуков ведет родословную от человека по имени Матвей, но в местном, диалектном варианте.

В пользу версии о происхождении от Матфея говорит и распространенность фамилии. Масуковы встречаются в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской, Ростовской и Волгоградской областях, где украинское влияние на говоры было сильным. В этих краях имя Матвей через форму Матюк или Масук давало начало целому гнезду фамилий: Матюков, Матюхин, Матвеев, и Масуков — один из них.

Менее вероятна, но возможна связь с прозвищем Масук от диалектного глагола «масукать» — в некоторых говорах означавшего «болтать», «пустословить». Однако такая версия слабее: прозвище от глагола с таким значением встречается редко, а имя Матвей в народных формах (Мася, Масюк, Масук) — наоборот, очень часто. Поэтому большинство носителей фамилии могут считать своим предком человека по имени Матвей, которого в быту звали Масуком, а его дети уже стали Масуковыми.