Фамилия Матвееня — редкий пример того, как церковное имя превратилось в фамилию через нестандартную для русского языка модель. В основе лежит каноническое имя Матвей (древнееврейское Маттитьяху — «дар Яхве»). Но если большинство русских фамилий на -ов/-ев образуют форму притяжательного прилагательного («чей?» — Матвеев), то здесь работает совсем другой механизм.

Суффикс -еня в фамилии Матвееня — это не уменьшительно-ласкательная форма (как, скажем, в имени Павлуня), а скорее белорусский или западнорусский вариант суффикса -еня, который в XVI–XVII веках использовался для образования отчеств и фамилий в крестьянской и мещанской среде. В документах Великого Княжества Литовского и Речи Посполитой такие формы фиксировались как усечённые отчества: Матвееня буквально значило «сын Матвея», а со временем закрепилось как наследственное прозвание. В отличие от великорусских фамилий на -ов, где ударение часто падает на окончание, Матвееня сохраняет ударение на корне — Матве́еня.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам: Беларусь, Смоленщина, Брянщина, а также к восточной части Польши (Подляшье). В России она встречается редко и преимущественно в областях, граничащих с Беларусью. Это объясняется историческими границами: на землях, где долгое время действовали нормы Литовского статута и польская канцелярская традиция, фамилии на -еня (Гавриленя, Степаненя, Иваненя) были обычным делом, тогда как в Московском государстве их почти не знали.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду однокоренных, но по-разному оформленных: Матвеев, Матвеичев, Матвейчук, Матвиенко. Матвееня — единственная форма, где суффикс работает как отчество без дополнительных наращений. Это позволяет предположить, что предок носителя фамилии в документах фиксировался именно как «Матвееня» — без перехода в притяжательное прилагательное, что характерно для ранних, ещё не устоявшихся фамилий простого сословия.

О дворянском происхождении говорить не приходится: фамилии на -еня почти никогда не встречаются в родословных книгах Российской империи. Скорее всего, предки были крестьянами или мещанами, а сама фамилия сохранила архаичную форму, которую в XIX веке уже не меняли на «благородный» суффикс -ов.