Фамилия Маушкина — женская форма, а её мужской вариант Маушкин — довольно редкая русская фамилия, которая сразу обращает на себя внимание необычным звучанием. Вопреки возможному желанию связать её с французским или немецким «Maus» (мышь), корень здесь, скорее всего, исконно славянский, но с неочевидной историей.

Словообразовательная модель типична для русского Севера и Поволжья: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — то есть сын или потомок человека по прозвищу Маушка. Основа Мауш- могла родиться из местного диалектного слова. В архангельских и вятских говорах «маушка» — это ласкательное название маленькой мыши или полёвки, но с характерным северным «оканьем» и смягчением согласных. Однако есть и другая версия: прозвище могли дать человеку с «маусиной» внешностью — невысокому, юркому, с острыми чертами лица.

Более редкая, но правдоподобная гипотеза связывает фамилию с личным именем Маура (разговорная форма от Мавра, греч. «тёмная»). В этом случае Маушка — уменьшительная форма имени, как Пашка от Павел или Машка от Мария. Такие «домашние» имена часто становились фамилиями на Руси, особенно в крестьянской среде. Если это так, то Маушкины — потомки некоего Мауры, жившего, вероятно, в XVI–XVII веках.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — её фиксируют в переписях Вологодской, Костромской и Нижегородской губерний. Встречается она и в Поволжье, где мордовские и тюркские языки могли дать похожее по звучанию прозвище, но подтверждённых данных об этом нет.

Какой бы ни была версия, ясно одно: фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или посадская. Её носители в XIX веке были либо государственными крестьянами, либо мещанами. Сейчас Маушкины — редкость, что делает фамилию своеобразным маркером происхождения из определённого региона, где диалектная речь сохраняла такие вот неожиданные формы.