Фамилия Мефодий — редкий случай, когда в основе фамилии лежит не крестильное имя в его обиходной форме, а полное церковное имя, причём без какого-либо патронимического суффикса. В русской традиции фамилии на -ий, -ий, -а, -я обычно указывали на происхождение от прозвища или названия профессии, но здесь мы видим застывшую форму самого имени. Это говорит о том, что фамилия образовалась не по стандартной модели «чей сын?» (Иванов, Петров), а по другой, более редкой — возможно, от прозвища, данного человеку за его религиозность или за связь с церковью. Человека могли называть Мефодием в насмешку или, наоборот, с уважением, если он был похож на святого, вёл себя назидательно или служил в храме.

Имя Мефодий греческого происхождения, от μεθόδιος — «методичный», «упорядоченный», «следующий методу». В христианской традиции оно связано прежде всего с Кириллом и Мефодием, создателями славянской азбуки. Поэтому носитель фамилии мог получить прозвище за образованность, учительство или склонность к систематизации. Однако не стоит исключать и более приземлённый вариант: фамилия могла возникнуть в среде духовенства, где семинаристы часто получали фамилии по именам святых. В таком случае Мефодий — не прозвище, а искусственная фамилия, данная выпускнику духовной семинарии или принятая монахом. Это отличает её от подавляющего большинства русских фамилий, образованных от мирских имён предков.

Географически фамилия Мефодий встречается крайне редко и преимущественно в южных регионах России и на Украине, где влияние греческой церковной традиции было сильнее. В отличие от фамилий типа Мефодьев или Мефодьевич, которые указывали бы на отца по имени Мефодий, сама форма Мефодий застыла в именительном падеже, что характерно для украинской и белорусской ономастики (сравните: Шевченко, Тимошенко). Поэтому можно предположить, что предки носителя этой фамилии жили на территории современной Украины или в южнорусских губерниях, где такая модель фамилий была распространена.

Таким образом, фамилия Мефодий — не про «чей сын», а про «кто такой». Она либо указывает на прозвище человека, ассоциировавшегося со святым или учителем, либо является искусственным семинарским образованием. В любом случае, это фамилия-исключение, которая стоит особняком в ряду стандартных русских фамилий и говорит о нестандартном пути её возникновения.